2018-04-Paris (Institut Curie)

Ingénieur Analyse d’image
Domaine / Unité : UMR144 (Labex Celtisphybio) Manager de l’unité : Bruno Goud Localisation du poste : Centre de Recherche, 12 rue Lhomond, 75005 Paris Type de contrat : CDD avec possibilité CDI/poste CNRS Date de début et durée : 2 ans, à pourvoir dès que possible

Missions principales : Interlocuteur privilégié des équipes de biologistes et de physiciens travaillant au sein du Labex CelTisPhyBio (www.labex-celtisphybio.fr) et impliquées dans des projets nécessitant traitement et analyse d'images, vous serez en charge de :
• Utiliser et développer des outils d'analyse d'image en utilisant les différentes plateformes software disponibles, la programmation et l'écriture de scripts, pour la quantification de composants cellulaires et sub-cellulaires
• Prétraiter, analyser extraire les paramètres biologiques pertinents à partir de données de microscopie bas et moyen contenu (fluorescence, électronique, corrélative)
• Manipuler et traiter les données générées sur les divers postes de microscopie de modalités différentes (CLSM, TIRF, SD, MP, LSM, EM) présents sur les plateformes de l’Institut Curie
• Assurer une veille méthodologique poussée sur le domaine par le biais des réseaux technologiques et scientifiques dédiés, par la participation à des ateliers, congrès, et formations

Profil du candidat (compétences techniques, linguistiques …) :

• Expertise étendue dans l'utilisation et le développement de méthodes du traitement et d'optimisation d'images
• Expertise étendue dans l'utilisation et le développement de méthodes pour l'analyse quantitative du contenu des images biologiques multi-échelles
• Forte expérience sur certains des outils logiciels disponibles en traitement d'image biologique (Image J/FiJI, Cell Cognition, Icy, Ilastik) et pratique des soft connexes pour le calcul scientifique (MATLAB).
• Programmation obligatoire : Java, C/C++ et/ou autre
• Etre à l'écoute des besoins des équipes de recherche utilisatrices et en mesure de comprendre comment les différentes disciplines impliquées contribuent aux projets et découvertes
• Etre en mesure présenter vos travaux au sein de l’Institut Curie et à l'extérieur
• Anglais Courant (oral et écrit)

Niveau Expérience / diplôme souhaité : Bac+5 analyse et traitement d’image

Comment postuler : Merci d’adresser un C.V. complet + lettre de motivation à recrutement.labex.ctpb@curie.fr

2018-04-Bruxelles

IMAGE PROCESSING LAB MANAGER - IT PROJECT MANAGER
Master of engineering, master in computer science with experience (or a PhD degree) related to image processing.
Applications are invited for a lab manager position to work at the Center for Microscopy and Molecular Imaging (CMMI) in Biopark Charleroi Brussels South, Belgium. CMMI provides the scientific community (universities and private companies) with an integrated and efficient preclinical imaging platform. You will have close interaction with the multidisciplinary team of the center. You will have access to the state of the art pre-clinical imaging systems. You will be responsible for the image data management and original image analysis developments for the facility.
Current imaging modalities at the CMMI : - Electron microscopy - Brightfield, fluorescence, confocal microscopy - Holography microscopy - High-content microscopy analysis system - Whole Slide Imaging (digital pathology) - High-resolution autoradiography - Magnetic resonance imaging (preclinical) - PET and SPECT (pre-clinical) - CT (pre-clinical)
QUALIFICATIONS/EXPERIENCE
● be an experienced engineer or computer scientist ideally with research experience
● have experience in image processing, ideally in biomedical imaging;
● have good programming skills and good notions of software project management
● possess a proven track record in managing and delivering research projects or project management
● have a problem solving oriented mind and a good team spirit, the position involves daily collaboration with the other CMMI members
● ideally possess a track record in securing research funding ...
DUTIES The candidate will actively participate in the following activities:
● manage contact with internal and external scientific and industrial clients
● design and implement an image repository framework for the CMMI (by looking for existing available solutions)
● implement good software practices for the long term support of image processing and analysis routines
● set up new image processing developments in collaboration with the other members of the center
● disseminate results by actively initiate and participate to scientific publications
● apply to research project calls (regional and international)
LANGUAGE SKILLS - ENGLISH Good - FRENCH Good
The position is for four years and it is renewable subject to funding availability.
Contact person : Olivier Debeir odebeir@ulb.ac.be

2018-03-Paris (Collège de France)

Ingénieur(e) en expérimentation et instrumentation biologiques
Catégorie : A / Branche d’activité professionnelle : BAP A / Quotité de travail : 100% / Modalités de recrutement : CDD 1 an renouvelable (rémunération en fonction de l'expérience) / Localisation : COLLEGE DE FRANCE - CIRB - 11 place Marcelin Berthelot, Paris 5ème / Date souhaitée de prise de fonction : 1er mars 2018 / Modalités de candidature : CV et lettre de motivation ; recrutements.cirb@college-de-france.fr
Environnement
Le Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie (CIRB), situé au Collège de France dans le centre de Paris, est une structure de recherche associant le Collège de France, le CNRS et l’INSERM. Le Centre comprend plusieurs plateformes techniques (imagerie, histologie, culture, expérimentation animale,…). La mutualisation de moyens financiers sous la forme de ressources levées auprès des équipes du CIRB et du soutien financier de différents acteurs (EPST, Fondations, Région, Industrie) a contribué à financer ces outils et permet leur fonctionnement et entretien. Le CIRB continue à développer des interactions fortes avec des institutions de PSL, telles l’Ecole Normale Supérieure et l’Institut Curie ; il fait également partie du Labex Memolife. La plate-forme d’imagerie du CIRB/CDF est équipée d’une douzaine de systèmes d’acquisition d’images de type confocaux mono et multiphoton, axiozoom, spinning disks, SPIM, ultra-microscope, AFM, TIRF, STED..

Activités principales - Choisir et adapter les technologies d'analyse et d'expérimentation en fonction des objectifs de recherche dans le cadre de techniques avancées de microscopie à force atomique et de fluorescence. - Développer des techniques et des instruments adaptés à une approche méthodologique des différents pro-jets des groupes du CIRB/CDF - Former ou assurer un transfert technologique - Conseiller les utilisateurs sur les possibilités techniques, leurs limites, les méthodes d'analyse, leur interpré-tation, et en assurer le suivi - Rédiger des rapports d'expériences ou d'études, des notes techniques -Concevoir et optimiser des expériences dans le cadre d'un domaine d'étude de la biologie : mécanobiolo-gie, étude morphologique en fluorescence. - Participer à la gestion des moyens techniques, humains et financiers alloués - Organiser et contrôler l'utilisation des différents équipements de la plate-forme d’imagerie - Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité - Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité - Mettre en oeuvre une démarche qualité et un suivi métrologique des équipements

Connaissances - Connaissances générales en biologie - Connaissance générales de l’environnement et réseaux professionnels - Réglementation en matière d'hygiène et de sécurité - Cadre légal et déontologique - Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)
Compétences opérationnelles - Utiliser en expert un microscope à fluorescences (Microscopie plein champs et confocal) - Participer à la formation des utilisateurs sur les différents systèmes de la plate-forme. - Participer aux missions de métrologies et de maintenances de la plate-forme. - Conseiller les utilisateurs sur les différents systèmes et la préparation des échantillons en fonction des spécificités des différents projets. - Utiliser les logiciels spécifiques à l'activité (logiciel constructeur, imageJ.. etc)
Compétences comportementales - Capacité de raisonnement analytique - Capacité de communication - Compétences pédagogiques
Diplômes et expérience souhaitée : Bac +3 minimum Domaine de formation souhaité : biologie ou optique ou microscopie
Modalités de candidature Le dossier de candidature, constitué des documents suivants : - Une lettre de motivation - Un curriculum vitae précisant l’employeur et la situation statutaire - Dernier bulletin de salaire doit être adressé dans un délai de 3 semaines suivant la publication à la Direction des Ressources Humaines à l’adresse suivante : recrutements.cirb@college-de-france.fr

2018-03-Barcelonne (EMBL)

Technical Officer – Mesoscopic Imaging Facility
Location : Barcelona, Spain / Staff Category : Staff Member / Contract Duration : 3 years (renewable) / Grading : 4, 5 or 6; depending on qualifications and experience / Closing Date : 31 March 2018 / Reference Number : BA_00026
Job Description The European Molecular Biology Laboratory (EMBL) is one of the highest ranked scientific research organisations worldwide. The Headquarters Laboratory is located in Heidelberg (Germany), with additional sites in Grenoble (France), Hamburg (Germany), Hinxton near Cambridge (UK), Rome (Italy) and Barcelona (Spain).
EMBL Barcelona is currently in the process of establishing its research staff and infrastructure. Scientists at EMBL Barcelona will explore how tissues and organs function and develop, in health and disease. Alongside cutting-edge research, the site will house a state-of-the-art Mesoscopic Imaging Facility, enabling scientists worldwide to access imaging technologies specifically designed for studying tissues. The Facility will provide imaging solutions that cover the meso-scale “imaging gap” between high-resolution techniques such as confocal microscopy and methods such as magnetic resonance imaging (MRI) that can image entire mammalian organisms, but with limited resolution.
We are looking for a Technical Officer to join the Mesoscopic Imaging Facility at the newly established EMBL-Barcelona outstation. The successful candidate will participate in the development of innovative technologies that will support the work of the outstation. This will involve implementation of novel imaging platforms based on light-sheet microscopy and optical projection tomography; however, alternative techniques suitable for mesoscopic biological imaging may be introduced in the future.
The position will involve the design, implementation and maintenance of optical mesoscopic imaging instrumentation that will complement and improve the existing technologies in the Facility, and support the research goals of EMBL-Barcelona scientists and the larger biomedical community.
Duties (in cooperation with the Facility staff) : • Design of mesoscopic imaging instrumentation. • Implementation of the hardware necessary to achieve the Facility’s imaging goals. • Coding of control software necessary to run the optical instrumentation and implement the experiments required by Facility users.
Qualifications and Experience The position requires a Master’s degree or equivalent in engineering, physics, or a related discipline. A practical knowledge of instrumentation for optics and imaging is expected, as well as the ability to develop instrumentation hardware and control software for a user-oriented imaging facility. The candidate should be able to work both independently and as part of a team in the Facility. Additional beneficial qualifications include: experience with optical microscopy (as a user and/or technology developer); experience with LabView, Matlab, and SolidWorks; experience dealing with large scientific data sets (image data in particular); experience working in a user-oriented scientific facility. A fluent knowledge of the English language is required.
Application Instructions Please apply online through www.embl.org/jobs
Additional Information EMBL is an inclusive, equal opportunity employer offering attractive conditions and benefits appropriate to an international research organisation with a very collegial and family friendly working environment. The remuneration package comprise a competitive salary, a comprehensive pension scheme, medical, educational and other social benefits, as well as financial support for relocation and installation, including your family.
Please note that appointments on fixed term contracts can be renewed, depending on circumstances at the time of the review.

2018-01-Heidelberg (EMBL)

Scientific Officer - Advanced Light Microscopy Facility
Location : Heidelberg, Germany / Staff Category : Staff Member / Contract Duration : 3 years (renewable) / Grading : 4, 5 or 6, depending on experience and qualifications / Closing Date : 12 January 2018 / Reference Number : HD_01206
Job Description The European Molecular Biology Laboratory (EMBL) is one of the highest ranked scientific research organisations in the world. The Headquarters Laboratory is located in Heidelberg (Germany), with additional sites in Barcelona (Spain), Grenoble (France), Hamburg (Germany), Hinxton near Cambridge (UK), Rome (Italy). The Advanced Light Microscopy Facility at EMBL Heidelberg (ALMF) offers a collection of state of the art equipment and image processing tools to support in-house scientists and visitors in using light microscopy methods for their research. In collaboration with the Electron Microscopy Facility the ALMF also offers a service in correlative light and electron microscopy. For service provision in laser scanning and super-resolution microscopy the ALMF has a vacancy for a scientific officer to support users of the facility in all aspects of a light microscopy experiment. He/she will also participate in the set-up, testing and running of light microscopy equipment in collaboration with the industrial partners of the facility. He/she will participate in the organisation and teaching of courses on light microscopy techniques for in house scientists as well as those participating in international training courses.
Qualifications and Experience Candidates should have a university degree in either life sciences, physics or engineering, preferably with a PhD. Experience in advanced light microscopy techniques, including super-resolution microscopy, image analysis and sample preparation and their application to biological questions is essential. The successful candidate should be a
team player and have good communication and organisational skills. Fluency in English is compulsory.
Application Instructions Please apply online through www.embl.org/jobs
Additional Information Interviews are planned to take place on 1 February 2018.
EMBL is an inclusive, equal opportunity employer offering attractive conditions and benefits appropriate to an international research organisation with a very collegial and family friendly working environment. The remuneration package comprise a competitive salary, a comprehensive pension scheme, medical, educational and other social benefits, as well as financial support for relocation and installation, including your family. Please note that appointments on fixed term contracts can be renewed, depending on circumstances at the time of the review.

2018-01-Atlanta (US)

Lead Research Specialist
720805:SOM: Core Labs 77746BR
JOB DESCRIPTION :
• Under minimal supervision, performs a variety of specialized and complex research and laboratory tests and procedures.
• Uses independent judgment in applying or adapting scientific techniques.
• May assist in protocol design.
• Investigates and proposes alternative experimental procedures for consideration by a principal investigator. Assists in planning and scheduling research procedures.
• Analyzes and interprets results of studies.
• Demonstrates and trains others in the proper use/operation of laboratory techniques and equipment. Calibrates, troubleshoots and performs routine repair and maintenance of equipment.
• Reviews literature for related research developments and techniques and compiles findings.
• Monitors laboratory processes to maintain quality assurance standards.
• Records results of studies, compiles and analyzes data and prepares charts and graphs.
• Monitors the handling, storage and disposal of hazardous substances.
• Performs related responsibilities as required.
• Employees in this classification may be required to work with, take specific precautions against and/or be immunized against potentially hazardous agents.
MINIMUM QUALIFICATIONS : Bachelor's degree in a scientific field and two years of research experience, or equivalent combination of experience, education, and training.
PREFERRED QUALIFICATIONS :
• Quantitative data analysis skills, coupled with programming experience required to carry out varied and custom analyses of researchers’ data sets.
• Sufficient physics/engineering background to understand underlying principles of super resolution and light sheet based microscopy techniques, together with personal skills to train and assist researchers collect optimized data sets.
• Computer science skills required to run and maintain custom PCs needed for cutting edge microscopes and analysis workstations, in addition to subsequent big data management.
• Life science microscopy interest extremely important, and experience preferred.
DATE CREATED/MODIFIED/REVIEWED : 06/08/06 AMM
Operating Unit/Division : School Of Medicine ; Full/Part Time : Full-Time ; Regular/Temporary : Regular ; Minimum Hourly Rate $
19.375 ; Midpoint Hourly Rate $ 25.961539 ; Minimum Annual Rate $ 40300 ; Midpoint Annual Rate $ 54000
Preferred Qualifications Quantitative data analysis skills, coupled with programming experience required to carry out varied and custom analyses of researchers’ data sets. Sufficient physics/engineering background to understand underlying principles of super resolution and light sheet based microscopy techniques, together with personal skills to train and assist researchers collect optimized data sets. Computer science skills required to run and maintain custom PCs needed for cutting edge microscopes and analysis workstations, in addition to subsequent big data management. Life science microscopy interest extremely important, and experience preferred.

2018-01-Copenhague (Denmark)

Light Microscopy Application Specialist at CFIM (Core Facility for Integrated Microscopy)
Applications are invited for a position as Light Microscopy Application Specialist at the Core Facility for Integrated Microscopy (CFIM) (indefinite employment period), at the Faculty of Health Sciences with a starting date 1 April 2018.
About : CFIM was inaugurated in 2010 and services approximately 700 users from The Faculty of Health Sciences, other faculties and universities and commercial companies with access to state of the art light- and electron microscopes within life science research. CFIM is run by a dynamic, highly international working group with members from Denmark, Italy, Iran, Germany, USA and Spain.
Job description : On a daily basis the successful applicant will be in charge of maintaining the light microscopes and the GMO1 certified wet cell prep lab at CFIM. The position will also involve the development and implementation of new microscopy applications, training and supervising CFIM users, as well as teaching and instructing at CFIM courses in light microscopy.
Qualifications : The successful applicant must have experience within light microscopy, molecular biology, cell culture (primary
and immortalized), cellular physiology, immunofluorescence techniques and live cell imaging. Experience with Zeiss LSMs (710 series), Cell Observer SD and PALM microscopes (fluorescence -, confocal -, laser dissection -, TIRF and spinning disc microscopy), super resolution (SIM and SMLM), CLEM and image post-processing will be of great advantage. A CFIM expansion is scheduled in the near future and new techniques will include 2-photon confocal, light sheet, and soft X-ray. English at a scientific level and strong IT skills are mandatory requirements.
Terms of Salary and employment : Salary and employment terms are subject to the collective agreement made between the Ministry of Finance and the Danish Confederation of Professional Associations on Academics in the State at the level of special
consultant. In addition to the seniority-based salary, supplements may be negotiated on an individual basis.
Application and deadline : Applications should be send by clicking the link “ apply online” with CFIMApplication specialist in the subject field. • Cover letter • Curriculum Vitae • Diplomas • References
Deadline : 31 January 2018. Applications received after this time will not be considered.
For additional information about the position, please contact Klaus Qvortrup, professor, e-mail qvortrup@sund.ku.dk.
More information about CFIM : www.cfim.ku.dk
 

2018-01-Paris

Assistant(e) ingénieur(e) en biophotonique pour la plateforme d’imagerie Centre Universitaire des Saints-Pères
CDD d’un an renouvelable / assistant(e) ingénieur(e) en biophotonique pour la plateforme d’imagerie Centre Universitaire des Saints-Pères - 45 rue des Saints-Pères - 75006 PARIS
Poste à pourvoir dès que possible
Mission : Responsable opérationnel(le) du Service Commun de Microscopie (SCM), pour exercer des activités de conseil, de formation et d’assistance technique aux utilisateurs, afin de leur permettre de répondre à leurs problématiques biologiques dans les meilleures conditions.
Environnement : Le SCM reçoit une centaine d’utilisateurs et fait partie du projet d’UMS Inserm/CNRS/Paris Descartes. L’assistant(e) ingénieur(e) sera impliqué(e) dans la mutualisation des technologies (équipements, savoirs, savoir-faire) pour les différentes structures de recherche du site universitaire des Saints-Pères.
Activités administratives et financières (environ 10%) : - Participer à la gestion du budget dans le cadre de l’UMS : facturation, commandes et stocks, gestion des contrats de maintenance, négociations en matière d’achats - Organiser et coordonner les plannings d’utilisation des matériels - Administrer le parc informatique du Service - Planifier les activités du Service en tenant compte des contraintes et des échéances
Activités techniques (environ 40%) : - Assurer l’entretien des équipements : contrôle qualité, suivi de la maintenance, réparations - Rédiger des notes techniques et des tutoriaux sur les différents systèmes et approches expérimentales - Dépanner et assister les utilisateurs en cas de difficulté pendant l’acquisition des images et leur traitement. - Gérer les conditions de sécurité en rapport avec l’utilisation des équipements
Activités scientifiques (environ 20%) : - Participer à la recherche de solutions pour répondre aux problématiques des utilisateurs (lors de l’acquisition et de l’analyse des images) en proposant des adaptations des conditions d’expérience - Collaborer aux études et analyses d’échantillons - Créer, à la demande, des outils pour analyser les images - Participer à la veille scientifique et technologique dans le domaine de la biophotonique
Activités de formation et d’information (environ 30%) : - Encadrer les utilisateurs, les conseiller et les assister pour le recueil, la mise en forme, et l’analyse des données - Former les personnels et les étudiants à l’utilisation des équipements, leur transmettre les connaissances sur les possibilités et limites des techniques, les méthodes et les modes opératoires - Participer à des formations en interne et en externe (microscopie et analyse d’images) - Rédiger, animer et maintenir des outils de communication pour promouvoir le Service - Participer à l’organisation de séminaires techniques et théoriques dans le domaine de la biophotonique
Connaissances, compétences et savoir-faire : - Connaissance approfondie des techniques en biophotonique et de l’utilisation des appareils : microscopes champs larges (lumière transmise et épifluorescence), microscopes à balayage laser. - Connaissance générale en biologie - Utilisation des outils informatiques pour le pilotage d’expériences, le recueil, le traitement et l’analyse des données. La connaissance du logiciel ImageJ est indispensable. - Savoir adapter ses compétences aux évolutions permanentes du domaine - Connaissance de l’organisation de la structure dans laquelle s’exerce sa mission - Connaissance des règles de déontologie et d'éthique concernant son domaine de compétences - Connaissance des réglementations d’hygiène et de sécurité du domaine - Savoir communiquer, gérer les relations avec les interlocuteurs internes et externes et adapter ses explications aux différents publics - Anglais : bonne expression et compréhension écrites et orales
Diplôme souhaité : Licence. Licence professionnelle biophotonique fortement recommandée.
Candidature à adresser jusqu’au 19 février par courriel à : posteSCM@parisdescartes.fr
Les entretiens auront lieu entre le 19 février et le 23 février.
 

2018-01-New-York (US)

Atomic Force Microscopist Opening at Memorial Sloan-Kettering Cancer Center’s
Molecular Cytology Core Facility
The Molecular Cytology Core Facility (MCCF) at the Memorial Sloan-Kettering Cancer Center is seeking a Digital Microscopy Technician to support our daily operation through planning and execution of Atomic Force Microscope (AFM) experiments with members of research and clinical laboratories at MSKCC and the Tri-Institute. The MCCF owns and maintains an Asylum Research MFP-3D-BIO atomic force microscope in addition to state of the art optical imaging systems, including Leica SP5 and SP8 confocal microscopes, Zeiss LSM880 with Airy Scan technology, several widefield microscopes, and digital slide scanners.
AFM is experiencing increased attention from biologists as a uniquely useful tool for interrogating various biological systems at optically unattainable spatial resolution. Since its inception three years ago, the AFM facility at MCCF has experienced rapid growth, with collaborations on over 80 projects to date. To meet this high demand, we plan to acquire additional microscopes and staff to operate them. The atomic force microscopist is expected to work as a member of a team at MCCF, focusing specifically on AFM with the goal of continuing the expansion of AFM use and developing new methods and techniques for the scientists at MSKCC and the Tri-Institute. While his/her role would entail a great deal of AFM work, s/he is required to understand and work with optical systems to facilitate and catalyze projects and crosscollaboration.
Please read more about AFM at MCCF here : https://www.mskcc.org/researchadvantage/core-facilities/molecular-cytology/atomic-force-microscopy
Please read more about MCCF here : https://www.mskcc.org/research-advantage/corefacilities/molecular-cytology
Responsibilities :
• Plan and execute AFM experiments for scientists at MSKCC and the Tri-Institute
• Maintain, calibrate, and monitor the performance of the AFM
• Assist in post-acquisition processing and analysis of the data, writing macros andscripts for image acquisition, processing and analysis in software such as, MATLAB, FIJI/ImageJ, Imaris, etc.
• Actively market and seek new users for AFM
• Develop and test new methods and techniques for AFM with specific biological applications
• Stay informed with the hardware and software advances in AFM and optical microscopy
• Work in a collaborative settings
Qualifications and Skills :
• Bachelor’s or Master’s degree in Biomedical Engineering or a related field with very strong computational background and strong technical expertise
• Experience with advanced Atomic Force Microscopy imaging and sample preparation is highly preferred, but training will be provided
• Prior experience with image analysis of both optical microscopy and AFM images would be a significant plus
• Excellent communication skills and ability to work in a team environment are very important
• Strong organizational skills, flexibility in working hours and ability to multi-task. Scientific maturity that enables the individual to understand the purpose of their work and how AFM can help answer biological questions
• Ability to work on several projects simultaneously interest in biomedical research and working with students, post-doctoral and clinical fellows, and faculty performing research requiring generation of 'high end' and state-of-the-art AFM and light microscopy imaging data

Memorial Sloan-Kettering Cancer Center is one of the top ranked leading cancer research and teaching centers, located in Upper East Side of Manhattan. We offer a competitive salary, comprehensive benefits and an excellent working environment.
Please e-mail your CV and cover letter to Madeline Leung : leungm@mskcc.org<http://lists.umn.edu/cgi-bin/leungm@mskcc.org> along with PDFs of any publications that you are author, co-author, or acknowledged

2017-12-Nantes

Ingénieur en histologie et en microscopie photonique
Type de recrutement : Contractuel – catégorie A / Rémunération selon la charte de gestion des contractuels de l’Université de Nantes pour les non titulaires / Date de prise de fonction souhaitée : février 2018 / Service/localisation : SFR François Bonamy Inserm UMS 016 / UN - CNRS 3556 - PF Micropicell –IRS UN Nantes

Présentation du service et place de l'agent dans l'organisation :
Mission principale du service : La plate-forme MicroPICell propose une offre intégrée complète en imagerie cellulaire et tissulaire à l'ensemble de la communauté scientifique ligérienne mais aussi extérieure, qu'elle soit académique ou industrielle. L'ensemble des prestations proposées permet aux utilisateurs et collaborateurs d'avoir accès aux services de préparation des échantillons, d'observation en microscopie photonique et de gestion et analyse des données images générée.
Composition du service (effectif) : 1 technicienne et 3 ingénieurs
Place de l’agent dans l’organigramme du service : sous l’autorité du référent activité imagerie de la plate-forme MicroPicell
Relations fonctionnelles liées au poste : L’ingénieur(e) devra réaliser son travail en concertation avec les responsables scientifique et techniques de la plate-forme
Missions, Activités principales, Activités associées : L'ingénieur(e) sera affecté(e) au service imagerie de la plateforme d’histologie et de microscopie photonique, MicroPICell, situé à l’IRS UN, Nantes.
- II/elle devra concevoir des protocoles expérimentaux et adapter l'instrumentation ainsi que les méthodes d'analyse aux différents projets de recherche (mission de service).
- Il/elle aura pour mission d'assurer le développement de nouvelles technologies en accord avec les projets des utilisateurs, les partenaires scientifiques et les partenaires industriels (mission de recherche et développement)
- Installer et mettre en service un système de micropatterning, via le développement de projets pilotes d’utilisation.
- Accompagner des programmes de recherche des laboratoires de la SFR F.Bonamy en mécanobiologie et culture tridimensionnelle réalisés en collaboration avec la plateforme MicroPICell.
- Mettre à disposition des utilisateurs des approches innovantes en microscopie photonique et en analyse de données images.

- Etre à l'écoute des utilisateurs et les conseiller sur les méthodes les plus appropriées à leurs projets.
- Prendre en charge la formation des utilisateurs et assurer des prestations de service (conception et application de protocoles, acquisition d'images, analyse et interprétation des résultats) en lien avec la technologie de micropatterning.
- Promouvoir de nouvelles approches d'imagerie et/ou d'analyse particulièrement adaptées au micropatterning, développées sur place ou acquises en collaboration avec d'autres sites d'imagerie.
- Participer aux développements technologiques menés sur la plate-forme et suivre les évolutions technologiques et méthodologiques liées à l'imagerie biophotonique et au micropatterning en particulier.

Compétences et connaissances requises :

Savoirs généraux, théoriques ou disciplinaires :
- Connaissances théoriques approfondies en microscopie de fluorescence et techniques associées, notamment l’automatisation des microscopes.
- Connaissances générales en biologie et biologie cellulaire (immunologie, cancérologie, physiologie notamment).
- Connaissances générales en analyse d’image.
- Bonnes connaissances en culture cellulaire.
Savoir-faire opérationnels :
- Avoir des compétences en microscopie photonique (microscopie plein champ, vidéo, confocale, super résolution). En avoir saisi les contraintes et limites et être capable de se projeter sur d'autres approches et méthodologies.
- Avoir des compétences en traitement et analyse des données images via l’utilisation de différents logiciels parmi ceux disponibles sur la PF (Image J, NIS...)
Savoir-être :
- Travailler en équipe, communiquer régulièrement pour adapter son planning et ses activités en fonction des contraintes du service et des utilisateurs
- Gérer les relations avec les utilisateurs et les différentes contraintes d'exploitation

Environnement et contexte de travail – contraintes particulières :
Interactions avec de très nombreux intervenants (entreprise développant le système de micropatterning et utilisateurs)
Evolution prévisible : Adaptation à de nouvelles technologies qui feront intervenir de nouvelles pratiques et collaborations (microscopie électronique et corrélative, bioprinting et micro patterning)
Si ce poste vous intéresse, merci d’adresser lettre de motivation et curriculum vitae par voie électronique uniquement à l’adresse : Emplois@univ-nantes.fr (Ne pas déposer votre dossier sur les sites d’offres d’emplois)

2017-12-Paris (Institut Pasteur)

Microscopy and Imaging Engineer
The newly founded unit Physics of Biological Function of biophysicist Thomas Gregor at Institut Pasteur is seeking to fill two open position at the engineer level to perform microscopy and imaging related research. Candidates with strong interest in interdisciplinary optical microscopy and biophysics research will be expected to build microscopes, run live imaging experiments and execute image processing and analysis routines.
Presentation of the unit and its research topics : The Unit for the Physics of Biological Function at Institut Pasteur studies the basic physical principles that govern the existence of multicellular life. A core focus of the lab is to understand biological development–the complex process through which an organism grows from a single cell into a differentiated, multicellular organism–from a physics perspective. As such, we formulate and experimentally validate quantitative models that describe how
individual cells interact and organize in order to generate complex life forms.
Our main interests lie in : - multicellular pattern formation - transcriptional regulation in the context of development - molecular limits to biochemical sensing - emergence of collective behaviors in multicellular systems.
Description of a representative project : The dynamic organization of the genome in time and space plays a crucial role in the
functional specification of a cell. In particular the interplay between multiple distant enhancers and their target gene promoters has critical mechanistic consequences on gene activity patterns during cell differentiation and development. We are developing state-of-theart high-resolution live imaging techniques to resolve multiple enhancers in space and time to correlate the 3D motion of the DNA polymer with gene activity. The challenge is to develop the right imaging modalities that optimize our need for high temporal and spatial resolution, and to image a large field of view with multiple (≥ 4) colors simultaneously.
Expected profile of the candidate : Candidates will have a strong interest for collaborative and interdisciplinary research. They
should have a proven successful track record equipped with a combination of the following skills : - live-cell microscopy, single molecule imaging - microscope design and implementation - hard- and software design for microscope control - computational image analysis . Ability to work independently and in collaboration with members of the lab and international collaborators in a dynamic, diverse and multinational group is essential. English is the working language.
Contact : thomas.gregor@pasteur.fr
Applications should include a statement of research interests and motivation, a CV, and contact information for three references. Applications will be reviewed as soon as they are received. Funding is available for multiple positions; long-term funding is possible upon mutual agreement.

2017-11-Paris (Collège de France)

CDD d’ingénieur d’étude de 2 ans sur un profil AFM/Microscopie de fluorescence
Activités principales : -Choisir et adapter les technologies d'analyse et d'expérimentation en fonction des objectifs de
recherche dans le cadre de techniques avancées de microscopie à force atomique et de fluorescence. - Développer des techniques et des instruments adaptés à une approche méthodologique des différents projets des groupes du CIRB/CDF - Former ou assurer un transfert technologique - Conseiller les utilisateurs sur les possibilités techniques, leurs limites, les méthodes d'analyse, leur interprétation, et en assurer le suivi - Rédiger des rapports d'expériences ou d'études, des notes techniques - Concevoir et optimiser des expériences dans le cadre d'un domaine d'étude de la biologie : mécanobiologie, étude morphologique en fluorescence. - Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité - Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité - Mettre en oeuvre une démarche qualité et un suivi métrologique des équipements
Connaissances : - Connaissances approfondies des microscopies AFM et de fluorescence - Connaissances générales en biologie - Connaissance générales de l’environnement et réseaux professionnels - Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)
Compétences opérationnelles : - Utiliser en expert un microscope de type AFM et des microscopes à fluorescences (Microscopie plein champs et confocal) - Participer à la formation des utilisateurs sur les différents systèmes de la plate-forme. - Participer aux missions de métrologies et de maintenances de la plate-forme. - Conseiller les utilisateurs sur les différents systèmes et la préparation des échantillons en fonction des spécificités des différents projets. - Utiliser les logiciels spécifiques à l'activité (logiciel constructeur AFM, imageJ.. etc)
Compétences comportementales : Capacité de raisonnement analytique - Capacité de communication - Compétences pédagogiques
Diplôme réglementaire exigé - Formation professionnelle si souhaitable : Bac+3 minimum - Domaine de formation souhaité : biologie ou optique ou microscopie
Pour toute question ou pour postuler, merci de contacter : tristan.piolot@college-de-france.fr

2017-10-Paris

Assistant Ingénieur en expérimentation biologique
Fiche de poste : Assistant Ingénieur BAP A sciences du vivant / Poste : CDD 8 mois / Date :  à partir de janvier 2018
Structure : Institut de Biologie Paris Seine, laboratoire Neuroscience Paris Seine CNRS UMR8246
Equipe Signalisation Neuronale et Régulation Génique (SNRG)
7 quai Saint-Bernard, 75005 Paris
Personne à contacter : jocelyne.caboche@upmc.fr
Missions : Placé sous la responsabilité d’un chercheur de l’équipe SNRG, l’assistant ingénieur réalisera des expérimentations sur des échantillons de cerveau d’un modèle murin de la maladie de Parkinson dans le but de déterminer si une approche thérapeutique fondée sur l’utilisation d’un composé pharmacologique engendre des modifications sur la morphologie et la connectivité des neurones. L'Assistant ingénieur sera en charge de la réalisation des expériences immunohistochimiques sur
coupes et des analyses morphologiques des épines dendritiques. Il réalisera l’acquisition des images sur microscope confocal ainsi l’analyse des données, leur représentation graphique et quantitative.
Activités :
- Réaliser des colorations histologiques et des immunohistochimie sur coupes de cerveau de rongeur.
- Acquérir des images par microscopie confocale.
- Réaliser des analyses morphométriques quantitatives.
- Analyser les données à l’aide de logiciels ad’hoc.
- Rédiger des tableaux et graphiques quantitatifs
- Réaliser les tests statistiques.
Compétences :
- Connaissances théoriques et pratiques solides en microscopies
- Connaissances pratiques des logiciels dédiés du domaine (Metamorph, ImageJ FlowJo…)
- Capacités relationnelles: qualité d'écoute et adaptabilité pour interagir avec les membres de l’équipe.
- Connaissances théoriques et pratiques en biologie
- Connaissances théoriques et pratiques en statistiques
Moyens mis à disposition : Microscopes confocaux à balayage Laser, Stations de travail (Huygens, Volocity, imageJ), ordinateur et logiciels d’analyses d’images.
Contexte de travail : L’équipe « SNRG », du laboratoire de Neurosciences Paris Seine, est spécialisée dans l’étude des adaptations neuronales, cellulaires et moléculaires au sein du système nerveux central. Les chercheurs de l’équipe ont mis en place des techniques innovantes afin d’étudier de façon fine, après acquisition d’images sur tissu fixé et reconstruction 3D, la morphologie des neurones, leurs extensions dendritiques, ainsi que leur connexion synaptique. Dans ce cadre, une collaboration est établie avec une société privée, qui leur livrera des tranches de cerveau issues de rongeurs qui auront été traitées avec une molécule thérapeutique, contre la maladie de Parkinson. Le but de ce contrat sera d’analyser en post-mortem, l’impact de ces molécules au niveau neuro-anatomique, et neuro-fonctionnel.

2017-09-Rouen

Poste d’Ingénieur en Biophysique/Microscopie financé par la Fondation pour la Recherche Médicale
Le laboratoire de Différenciation et Communication Neuronale et Neuroendocrine (Inserm U1239, membre de l’Institut de Recherche et d’Innovation Biomédicale ou IRIB à Rouen) recrute un(e) ingénieur(e) en biophysique cellulaire/microscopie financé par la Fondation pour la Recherche Médicale (CDD de 12 à 18 mois à partir du 1er septembre 2017 pour une rémunération nette mensuelle d’environ 1700-2200 euros selon l’expérience du candidat, et avec possibilité de prolongation). L’ingénieur travaillera en collaboration avec l’UPR 3212 CNRS (Strasbourg), l’UMR 6014 CNRS (Rouen) et la plate-forme du CIML (Marseille) afin de tirer profit d’un environnement pluridisciplinaire (entouré de biologistes, biochimistes, chimistes et biophysiciens). Le projet de l’équipe est d’élucider les mécanismes moléculaires impliquant la glycoprotéine soluble chromogranine A (CgA) permettant la biogenèse des granules de sécrétion, organites supports de la sécrétion hormonale dans les cellules neuroendocrines, dans des conditions physiologiques et physiopathologiques (tumeurs neuroendocrines, maladies neurodégénératives). Dans ce contexte, l’ingénieur étudiera l’interaction CgA/acide phosphatidique (PA) ainsi que la formation de microdomaines au niveau de la membrane golgienne et de la membrane plasmique dans les cellules neuroendocrines vivantes. A cette fin, des outils moléculaires fluorescents seront disponibles et de nouvelles sondes PA photoactivables et biocompatibles sont en cours de synthèse. Les techniques d’imagerie telles que la microscopie confocale, la microscopie STED, la microscopie à ondes évanescentes, la microscopie biphotons et la spectroscopie à corrélation de fluorescence seront à disposition sur la plate-forme
d’imagerie cellulaire (PRIMACEN) de l’IRIB et au CIML.
Le candidat devra être titulaire d’un Master ou d’un doctorat en imagerie cellulaire ou en biophysique, accompagné d’une forte expérience en microscopie à fluorescence sur cellules vivantes, en analyse d’images et en recherche expérimentale, et être motivé par les questions de biologie cellulaire, telles que la dynamique membranaire. Des connaissances en biochimie et biologie moléculaire sont également souhaitées.
Pour postuler, veuillez envoyer un CV, une lettre décrivant votre parcours et vos intérêts scientifiques, ainsi que le contact de trois référents à Maité Montero (maite.montero@univ-rouen.fr).

2017-09-Lyon

Recrutement d’un(e) Assistant(e) Ingénieur(e) ou Ingénieur d’Etude - 1er septembre 2017

Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon
Equipe : développement et fonction du système neuromusculaire
32-34 avenue Tony Garnier 69007 Lyon
Contact : Jonathan Enriquez
Jonathan.enriquez@ens-lyon.fr

Notre Equipe de recherche étudie le développement du système neuromusculaire. Notre objectif est de comprendre 1/le programme génétique contrôlant la morphologie cellulaire des motoneurones, des muscles et des cellules gliales 2/ Comment ces trois types cellulaires communiquent pendant le développement afin de construire un système moteur fonctionnel 3/Comment des perturbations du développement du système locomoteur peuvent engendrer des problèmes de locomotion. Pour atteindre nos objectifs, notre équipe utilise la Drosophile comme model d’étude ainsi que diverses techniques de pointe qui vont de la biologie moléculaire, de la génétique, de l’ingénierie génomique, de l’imagerie électronique et confocal, à la modélisation et l’étude comportementale.
Missions de laboratoire : - Maintien des stocks de Drosophile : 1.5 jours par mois. - Prise en charges des commandes: 1 jour par semaine.
Mission scientifique : Le ou la candidat(e) sera intégré(e) à un des projets de recherche du laboratoire. La règle générale dans le laboratoire est que chaque membre n’est impliqué que dans des projets qui les intéressent et qui les motivent. Pour cette raison le projet scientifique du candidat sélectionné sera adapté en fonction de son profil scientifique, de ces intérêts scientifiques, de son expertise technique et de ses envies d’aller au-delà de son cadre de compétence. Notre laboratoire offre un grand nombre de projets et de techniques variées pour que chacun puisse s’épanouir scientifiquement.

Profil recherché : - Niveau de formation requis: DUT, BTS, License ou Master. - Aime travailler en équipe, organisé et surtout curieux et envie de progresser scientifiquement.
CDD de 2 ans (temps plein) à pourvoir au 1er septembre 2017.
Salaire Brut (grille fonction publique) : 1800 à 2000€ brut selon qualification et expérience. Prière de prendre contact auprès de Jonathan Enriquez, uniquement par email à l’adresse suivante: jonathan.enriquez@ens-lyon.fr (stipuler «Poste AI/IE » Dans l’objet du mail). Joindre CV, Lettre de motivation et les coordonnées de deux références.

2017-09-Pessac

Ingénieur traitement d’images (H/F) chez Argolight

CDI – 2017 PESSAC – Salaire : 31 k€
Start up ambitieuse, fiable (5 ans, activité bénéficiaire, en croissance) et tournée vers l’international (80% de clientèle hors France), Argolight est une entreprise de haute technologie qui officie sur les marchés de la biotechnologie, de la pharmaceutique et de la recherche médicale. Nous recherchons un(e) développeur(se) back end pour renforcer notre équipe développement sur un projet important. Localisation : Pessac Timing : septembre 2017

Votre Poste : Vous travaillerez au sein d’une équipe de 3 développeurs (vous y compris). Vous serez amené à travailler sur des études de recherche et développement dans le domaine de l’imagerie en microscopie de fluorescence.
Vous serez en charge du développement d'outils logiciels de traitement et d'analyse de données provenant d'images, de la préparation de tests, de la mise en forme de données, de la définition d'algorithmes de traitement et du maquettage de ces algorithmes. Votre expertise vous conduira à être sollicité pour du support technique traitement d’images.
Vous travaillerez au sein d’une équipe dynamique et innovante, en côtoyant des experts des matériaux vitreux, de l’optique et des lasers. Votre capacité à être force de proposition sera non seulement encouragée mais également valorisée.
De fortes possibilités d’évolution sont possibles avec la croissance de l’entreprise.

Votre profil : De formation Bac + 5 (école d'ingénieur ou universitaire), vous justifiez d'une expérience significative dans le traitement d'images.
Compétences : • Librairie de traitement d’images OpenCV • Langage java • OS : Windows • Forte autonomie • Organisation, sens des responsabilités • Maitrise de l’anglais technique écrit et parlé
Bonus connaissances : • Spécialiste en traitement d’images • Bonne connaissance en segmentation d’images, détection de formes • Langage C++, Python • Connaissance appréciée en correction d’images, optique, déconvolution d’images, programmation parallèle GPU • Connaissance en langage Java • Notion de manipulation de base de données no SQL • Travail en équipe avec d’autre développeurs spécialisés dans leurs domaines

Pour postuler : CV, Lettre de projets explicitant votre rôle dans des projets passés que vous jugez pertinents – contact@argolight.com

2017-08-Newark-Delaware (US)

Associate Scientist

The Delaware Biotechnology Institute is an interdisciplinary research unit at the University of Delaware. The vision is to create a better future through leadership in life science research at the University of Delaware. Most, but not all, of the Institute’s activities involve molecular and cellular studies of living systems and most, but not all, of the activities involve partnerships with other institutions in the region. The Delaware Biotechnology Institute’s mission is to promote research, education, and technology transfer for biotechnology applications to the benefit of the environment, agriculture, and human health. Towards this end, the Institute has several goals: 1) to help the University recruit, retain, and enable a diverse community of exceptional life science faculty, students, and staff; 2) to establish and maintain world-leading life science core facilities and physical infrastructure that support the vision and mission and our partner institutions; 3) to be nationally recognized as a leading biotechnology institute; 4) to create an endowment that will support cross disciplinary life science research activities; and 5) to support the community by promoting entrepreneurship and science communication. Delaware Biotechnology Institute fosters a collaborative and cutting– edge research environment, encourages innovation and technology transfer, and supports ground-breaking discoveries to benefit the environment, agriculture, and human health. The supporting values at DBI are 1) to treat all individuals with respect and dignity; 2) to value differences and recognize that diverse perspectives enhance creativity and scholarship; 3) to aspire to greatness; 4) to embrace innovation and change including a willingness to persist in the face of challenges; and 5) to be worthy of the trust and respect that the Institute has earned. DBI staff will be committed to being proactive in solving problems, serving the needs of the faculty and research groups that rely on the Institute and performing all duties efficiently, with careful attention to detail, and with priority on issues that support the Institute's mission and the team.

Under the limited direction of the Director of Bioimaging, the Associate Scientist provides research support and expertise for confocal microscopy experiments in a multi-user environment. This includes, but is not limited to, training users and/or performing all steps of experimental design, sample preparation, data acquisition and analysis of confocal microscopy experiments.
MAJOR RESPONSIBILITIES : • Provide consultation, oversight, training and supervision of graduate students, post-doctoral fellows, staff and faculty in the design, implementation, and analysis of microscopy-related projects with special emphasis on confocal microscopy and image analysis. • Manage confocal data quality control, compliance and integrity, and conduct migration of data to a backup storage system. • Provide assistance and guidance on advanced live-cell microscopy techniques
and sample preparation, including overseeing mammalian tissue cell culture facilities. • Provide advanced training on confocal and multiphoton microscopy techniques, including spectral unmixing and second harmonic generation imaging. • Develop or adopt new light microscopy techniques or instrumentation. • Maintain a broad knowledge of confocal microscopy technology, equipment and/or systems. • Instruct and annually update a portion of the laboratory section of BISC 850 confocal microscopy course. • Act as the liaison with the microscope vendor service technicians to ensure that all confocal microscopes are fully functional and meet safety guidelines. • Evaluate, select and apply standard scientific techniques, procedures and criteria to accomplish a variety of research assignments. Develop competitive research and instrumentation proposals to successfully acquire external funding. • Collaborate with users and principal investigators on design, analysis, application, and reporting of research projects; teach and advise on techniques. • Perform research assignments involving a number of variables; apply diversified knowledge of scientific research principles, practices, and protocols in research projects; make recommendations and conclusions which serve as the basis for decision making.
QUALIFICATIONS : • Master’s degree in biology or other related field and three years related experience, or equivalent combination of education and experience. • Experience with confocal microscopy and other advanced light microscopy, such
as superresolution microscopy. • Expertise in Zeiss LSM710, LSM780 and LSM880 confocal microscopes is
preferred. • Knowledge of the general principles and theories of molecular and cell biology. • General understanding of laboratory procedures and protocols. • Ability to adhere to and enforce safety procedures. • General understanding of research objectives and proper lab notebook maintenance. • Computer proficiency and willingness to conduct data management is essential. • Knowledge of image analysis software with preferred experience using ImageJ, Volocity and Amira. • Ability to work independently as well as a member of a team. • Motivation to learn new techniques, flexibility, and ability to interact with a diverse group of research personnel. • Ability to follow and/or optimize research methodologies and protocols. • Effective analytical and organizational skills. • Ability to train and instruct others, and communicate effectively and interact well
with people of all ages and diverse backgrounds
For a complete list of requirements and job duties and to apply online, please visit the UDJOBS website at www.udel.edu/udjobs Job ID 104858 .
Equal Employment Opportunity The University of Delaware is an Equal Opportunity Employer which encourages applications from minority group members, women, individuals with a disability and veterans. The University's Notice of Non-Discrimination can be found at http://www.udel.edu/aboutus/legalnotices.html. Employment offers will be conditioned upon successful completion of a criminal background check. A conviction will not necessarily exclude you from employment.

2017-07-Montpellier

Ingénieur en Imagerie in vivo

Missions : L’agent sera responsable d’un nouveau microscope multi-photonique équipé de lasers pulsés OPO. Il adaptera l’utilisation de ce microscope à l’imagerie optique in vivo de modèles animaux (souris, poissons) et de modèles murins vigiles. Sous couvert des responsables de la plateforme IPAM, il sera en charge de la formation à l’utilisation de ces équipements d’imagerie, de l’accompagnement des utilisateurs et du suivi des projets dans le cadre de prestations IPAM-BCM (BioCampus de Montpellier, https://www.biocampus.cnrs.fr/index.php/fr/ ).
Activités :
- La maîtrise et la formation aux utilisateurs d'un microscope multi-photonique dédié à l’imagerie intra-vitale
- Mettre au point les techniques d’imagerie in vivo de souris vigiles par micro-endoscopie ou par photométrie – maitriser les techniques pour assurer les formations aux utilisateurs
- Gérer des modèles animaux qui seront en salle d'accueil à proximité des salles d'imagerie. Cette gestion se fera en liaison avec le personnel de l'animalerie RAM-IGF
- Réaliser des projets de recherche validés par IPAM-IGF et nécessitant ce type d'imagerie in vivo possiblement associée à la formation d'utilisateurs externes. Ces expérimentations pourront nécessiter des adaptations de protocoles d'imagerie et/ou vis-à-vis du modèle animal/tissu d'intérêt
- Restituer des données d'imagerie à l'utilisateur IPAM avec, au besoin, une formation/réalisation des analyses d'images sur les stations d'analyse d'images d'IPAM
- Participer à toutes les étapes/réunions de montage, suivi et finalisation de projets d'utilisateurs, incluant la contribution à l'écriture des parties méthodologiques et de description des résultats d'une étude soumise à publication ou à toute autre forme de diffusion
- Participer aux réunions de la plateforme IPAM ainsi qu'à toute forme requise de diffusion pour promouvoir la renommée de la plateforme

Compétences attendues :
- imagerie in vivo
- connaissances en microscopie optique
- niveau 1 en expérimentation animale
- compétences en formation d'utilisateurs
- bon niveau en anglais parlé et écrit
- compétences en réalisation de projets de recherche (acquisition de données, exploitation et présentation des données)
- aptitude à travailler en équipe
Contexte :
L'Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF) est une Unité Mixte de Recherche CNRS-INSERM-Université de Montpellier à vocation multidisciplinaire dont les programmes de recherche couvrent les domaines des neurosciences, de la physiologie et de la biologie du cancer. L'IGF accueille environ 250 personnes - chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens, post-doctorants et étudiants - réparties dans 23 équipes de recherche, 5 plateformes technologiques et des services d'appui à la recherche. Le candidat travaillera sous la responsabilité de Patrice Mollard et Chrystel Lafont, respectivement responsables scientifique et technique du plateau IPAM-IGF de la plateforme IPAM (Imagerie du Petit Animal de Montpellier). IPAM est une plate-forme multi-sites d’imagerie des modèles animaux (certifiée ISO-9001 depuis 2014) et le plateau IPAM-IGF offre des prestations/Recherche & Développement d’imagerie optique in vivo à haute résolution à la communauté nationale et internationale. IPAM-IGF est membre du noeud montpelliérain (MARS) de l’infrastructure nationale France-Bioimaging (https://france-bioimaging.org/ ) et membre international de la plate-forme d’imagerie d’Irlande NBIPI http://www.nbipireland.ie/
Contacts :
Patrice Mollard (Patrice.Mollard@igf.cnrs.fr) et Chrystel Lafont (Chrystel.lafont@igf.cnrs.fr). Merci de faire parvenir une lettre de motivation, un CV et trois références.
Salaire mensuel approximatif en fonction de l’expérience de 2096 € à 2230 €.
Prise de fonction : 01/07/2017 souhaité

2017-06-Montpellier

2 positions d'Ingénieur - NOLLMANN LAB

The Center for Structural Biochemistry (CBS) carries out research at the forefront of structural biology and biophysics as a means to reveal the fundamental physical mechanisms underlying biological activity and its regulation. The CBS is located at the heart of a world-class research campus in Biology in the vibrant city of Montpellier in the French Riviera. It hosts research groups with expertise in many advanced microscopies, including single-molecule super-resolution (PALM/STORM), 3D structured illumination microscopy, fluorescence correlation spectroscopies, magnetic and optical tweezers, high-speed atomic
force microscopy and cryo-electron microscopy.
Our interdisciplinary group is interested in understanding the mechanisms of DNA organization and remodeling by developing and using state-of-the-art microscopies. We are looking for highly motivated candidates to fill three positions from two recently awarded ERC grants. The first position ( postdoc ) will have a PhD in biophysics, physics or quantitative biology and he will focus in studying chromosome organization. The second position ( technician/engineer ) will have expertise in computer programming, and will be in charge of developing software for image acquisition and analysis. The third position ( technician/engineer ) will have expertise in cell/molecular biology and will be in charge of developing advanced DNA labeling methods for use in microscopy. All applicants are expected to express a strong interest in working at the interface between physics, biology and informatics. The project will be conducted in close collaboration with the group of Giacomo Cavalli (Institute of Human Genetics, Montpellier).
Please visit our website for further details: http://marcnol.weebly.com/
Interested applicants should send their CV, cover letter and references to Marcelo.nollmann@cbs.cnrs.fr .
Recent Publications
Laura Faure, e t al. , Nature 539(7630):530-535, Nov 2016.
Antoine Le Gall, et al., Nature Communications , 7: 12107, July 2016
Laura Oudjedi, e t al ., Biomedical Optics Express , 7(6): 2163-2173, Apr 2016
Martial Marbouty, e t al. , Molecular Cell 59 (4): 588-602, Aug 2015.
Jean-Bernard Fiche, e t al. , PLoS Biol. 11(5):e1001557, May 2013

Center for Structural Biochemistry
Centre National de la Recherche Scientifique
Institut National de la Santé et la Recherche Médicale
Université de Montpellier

2017-05-Lyon

POSTE d’INGENIEUR D’ETUDE ou INGENIEUR de RECHERCHE- Lyon- France

Equipe Delattre http://www.ens-lyon.fr/LBMC/NematodeCell/fr/

ANALYSE BIOPHYSIQUE DU FUSEAU MITOTIQUE DANS PLUSIEURS ESPECES DE NEMATODES

Un poste d’ingénieur d’étude ou ingénieur de recherche est immédiatement disponible dans l’équipe de Marie Delattre au LBMC (Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule) pour étudier les bases biophysiques du positionnement du fuseau mitotique dans plusieurs espèces de nématodes. Nous nous intéressons à l’évolution des processus cellulaires. La première division embryonnaire du nématode C. elegans donne naissance à deux cellules filles de tailles et de destinées différentes, à cause du positionnement asymétrique du fuseau mitotique. Notre équipe a caractérisé les variations du positionnement du fuseau dans les embryons de 42 espèces de nématodes plus ou moins proches de C. elegans. Nous avons montré que plusieurs types de mouvements, différents de ceux bien connus chez C. elegans, existaient, suggérant une mécanique différente pour positionner le fuseau asymétriquement dans toutes ces espèces. Nous cherchons désormais à comprendre quels changements dans la balance des forces physiques agissant sur le fuseau se sont opérées au cours de l’évolution de ces espèces. Pour cela, nous nous concentrerons sur des espèces présentant des mouvements du fuseau très différents de C. elegans et i) utiliserons des drogues anti-actine ou anti-microtubules pour explorer le rôle respectif du cytosquelette d’actine et de microtubules dans le positionnement du fuseau, ii) réaliserons des destructions laser du fuseau mitotique ou des microtubules pour révéler la nature des forces physiques permettant de déplacer le fuseau.
Ce projet interdisciplinaire explorera un processus cellulaire essentiel (la division asymétrique) en utilisant une approche de biophysique comparative. Notre équipe fait partie du LBMC, hébergé au sein de l’Ecole Normale Supérieure de Lyon et bénéficie de nombreuses plateformes techniques dont une plateforme d’imagerie (PLATIM-Lyon Bio Image) très bien adaptée à notre projet (spining disk, systèmes d’ablation laser, super résolution, etc.). L’équipe est par ailleurs ancrée localement dans une communauté d’autres équipes utilisant C.elegans comme modèle, des laboratoires de biophysiques et des biologistes de l’évolution.
Le financement est pour l’instant disponible pour 1 an. Une première expérience en biophysique (ablations laser ou pinces optiques par ex.) et/ou imagerie et analyse d’image (imagerie spinning disk ou super resolution, etc.) est demandée. Des connaissances sur le modèle C. elegans ou autre nématode sera un avantage à la candidature. Merci d’envoyer votre CV ainsi que le nom d’au moins deux personnes pouvant servir de références à: marie.delattre@ens-lyon.fr

2017-05-Paris (Collège de France)

Concours : Ingénieur –e en expérimentation et instrumentation biologiques

Corps : Ingénieur d’études (IGE) / Nature : concours externe / Branche d’activité professionnelle : BAP A : Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement / Famille professionnelle : Biologie et santé, Sciences de la vie et de la terre : Emploi-Type : Ingénieur-e en expérimentation et instrumentation biologiques / Localisation : 11 Place Marcelin Berthelot, Paris 5ème : Rattachement : Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie (CIRB)

Contexte et environnement de travail
Le Collège de France est un grand établissement de recherche et de diffusion des connaissances
installé principalement sur trois sites au coeur de Paris. Sa mission est de contribuer au développement et au
progrès de la science et de la culture, de promouvoir la recherche et d’en diffuser les résultats par des
enseignements, des missions et des publications.
Il est administré par l’Assemblée du Collège qui détermine la politique de l’établissement et dirigé par un
administrateur.
Le Collège est organisé en chaires. Les chaires et les équipes de recherche associées au Collège
peuvent être regroupées en instituts dans les conditions fixées par le règlement intérieur.
Le Centre Interdisciplinaire de recherche en Biologie (CIRB) est une structure de recherche associant le
Collège de France, le CNRS et l’Inserm. Elle a vocation, sous la responsabilité de l’Administrateur du Collège, de
mutualiser des moyens financiers, techniques et humains dans les différentes disciplines de la biologie présentes
au sein de l’établissement. Il comprend plusieurs plateformes techniques (imagerie, histologie, culture,
expérimentation animale, bio-informatique …). Il compte 18 équipes de recherche (±200 personnes).
L’Ingénieur -e en expérimentation et instrumentation biologiques est affecté à la plateforme de
microscopie optique.
Cette dernière est labellisée IBISA depuis 2010 en association avec la plateforme de microscopie de l’IBENS
sous le nom ImaChem. Elle comprend 3 personnels : 1 responsable, spécialisé en microscopie photonique, un
ingénieur de recherche en charge du traitement d’image et l’ingénieur –e en expérimentation et instrumentation
biologiques.
Les équipements d’acquisition et d’analyse présents sont les suivants :
- 2 microscopes confocaux mono-photon
- 2 microscopes multi-photons pour de l’imagerie intravitale en fluorescence et seconde harmonique
- 2 microscopes spinning-disk avec module de FRAP et TIRF
- 1 vidéo-microscope
- 2 microscopes à champ-large
- 1 macroscope à illumination structurée
- 1 microscope pour la micro-dissection laser
- 5 stations de traitement et d’analyse d’image (Metamorph, Imaris, Neurolucida et Stereoinvestigator,
Matlab, Labview)
La plate-forme participe également à des développements particuliers : réalisation d’un système d’illumination
structurée et projet de couplage à de l’imagerie de seconde harmonique.

Missions
Au sein du Centre Interdisciplinaire de Recherche en Biologie et en coordination avec le responsable technique, l’Ingénieur -
e en expérimentation et instrumentation biologiques participera au bon fonctionnement du service, avec les missions
suivantes :
 Participer à la gestion du parc d’instruments et à son évolution,
 Assurer le bon fonctionnement des appareils de microscopie,
 Choisir, adapter et développer de nouvelles stratégies d’acquisition et d’analyse en réponse aux besoins des
utilisateurs,
 Conseiller, assister, former, les utilisateurs sur les différents systèmes d’acquisition ainsi que sur le traitement des
images obtenues,
 Être force de proposition dans le domaine de l’innovation technologique dans le domaine de l’acquisition d’images
dans des modalités photoniques avancées.
Activités principales
 Assurer l’entretien, la maintenance et le bon fonctionnement des appareils de microscopie
 Réaliser des tests de contrôle de performance des systèmes et la métrologie
 Rédiger des notes techniques sur les différents systèmes et approches expérimentales ainsi que des tutoriaux
 Former les utilisateurs du service (doctorants, chercheurs, ingénieurs et techniciens) aux différents systèmes
d’imagerie disponible afin de les rendre autonome
 Conseiller les utilisateurs sur les possibilités et les limites des techniques disponibles
 Choisir et adapter les systèmes d’acquisition d’images aux problématiques des expérimentations de recherche
 Développer les systèmes d’acquisitions afin de compléter les modalités disponibles sur les systèmes existants
 Orienter les utilisateurs vers les systèmes les plus adaptés, définir en expert les limites de ses techniques et des
interprétations des données collectées.
 Superviser et gérer l’utilisation des appareils : réservations du planning, liaison SAV...
 Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine de l’imagerie
 Organiser et contrôler l’utilisation collective de l’appareillage et des postes de travail
 Concevoir ou animer des actions de formation en interne et en externe
 Participer à des réseaux professionnels d’échanges de savoirs et de savoir-faire
 Diffuser et valoriser les résultats des développements technologiques
 Appliquer et faire appliquer le règlement de l’utilisation du plateau et les règles d’hygiène et sécurité
Compétences requises nécessaires à la tenue du poste
 Connaissances théoriques et pratiques en microscopie photonique (microscopie champ-large, confocale, spinningdisk,
2-photons imagerie intravitale)
 Connaissances générales en biologie et connaissance des modèles présents dans l’unité
 Connaissance pratique des logiciels dédiés à l’acquisition d’images (Metamorph, LASAF, Zen…)
 Connaissance pratique des logiciels de visualisation et traitements d’images (ImageJ, Imaris…)
 Bon niveau d’expression et de compréhension écrites et orales en anglais (requis pour communiquer avec les
utilisateurs et fournisseurs anglophones)
 Capacité d’analyse et de synthèse
Contraintes et spécificités
 Bon sens relationnel avec de bonnes qualités pédagogiques
 Capacité de travail en équipe
 Rigueur technique et sens de l’organisation
 Motivation et enthousiasme
 Capacité d’adaptation dans un environnement multidisciplinaire