Outils statistiques et bioinformatiques en biologie - 3 ECTS
6h CM, 24h TP
Responsable : R Tavares
L'objectif de l'UE est d'apprendre à utiliser les outils de traitement de données biologiques, en étant autonome et capable de critiquer ces outils : connaissance de la statistique indispensable pour toute analyse d'un jeu de données en biologie et connaissance de la bioinformatique.
Objectif Général de l’Unité d'Enseignement :
Apprendre des outils de traitement de données biologiques, en étant autonome et capable de critiquer ces outils (connaître leurs potentialités mais aussi leurs limitations). UE majoritairement composée de travaux pratiques.
Biostatistiques : Offrir une connaissance en statistique indispensable pour toute analyse d'un jeu de données en biologie, à la conception d’un schéma expérimental, à l’évaluation de la taille de l’échantillon, à la formulation des hypothèses de travail, et aux conditions d’application des différents tests. A l'issue de l'enseignement, les étudiants doivent être à même de savoir quel type d'analyses statistiques effectuer sur un jeu de données, d'en juger les limites et de construire au mieux des protocoles expérimentaux.
Bioinformatique: 1) apprendre les principales notions de base sur les techniques d'analyse des génomes, l'analyse fonctionnelle et la génomique comparative 2) connaître les concepts de base de la bioinformatique des séquences pour les utiliser dans de bonnes conditions.
Programme de l'Unité d'Enseignement :
Bioinformatique : Analyse in silico des Génomes : Historique et présentation de la bioinformatique ; Acquisition des données : techniques de séquençage à haut débit (NGS), génome, transcriptome ; Extraire de l’information des données : annotation de génomes et banques de données biologiques ; Alignement de séquences ; Phylogénie moléculaire. Application à des questions biologiques en génomique fonctionnelle et évolutive (ex : les navigateurs de génomes ; polymorphisme et maladies ; la famille multigénique de l’insuline ; une bactérie fossile ?; l’évolution du virus du Sida, …).
Biostatistiques : apprendre à établir « une feuille de route ». Spécifier la question biologique ; Formuler la question sous forme d’ hypothèses statistiques : hypothèse nulle H0 et hypothèse alternative H1 ; Identifier la ou les variables mesurées et leurs propriétés ; Etablir un plan d’expérience en fonction du type d’analyse statistique choisi - analyse de la puissance du test si possible ; Analyser les données : synthèse, représentation graphique, tests statistiques univariés (comparaison de moyennes, ANOVA 1 et 2, test de médianes 2 à 2 et multiple, Chi2, ..) et bivariés (corrélation, régression), analyse des courbes de survie, puissance d’un test ; Interpréter les résultats, mise en forme pour une communication écrite ou orale